Từ lâu, các vua chúa Việt Nam luôn lo lắng về các vùng có tộc người Khmer định cư tập trung và lâu đời ở Nam Bộ. Bởi đây là vùng đất mới đối với người Việt, cho nên khi chúa Nguyễn Phúc Ánh còn ở đất Gia Định, đã cho phép người Khmer ở địa phương lập đồn điền, và mỗi năm chỉ phải nạp lúa thuế mà thôi. Đến khi nối ngôi vua, năm 1835, vua Minh Mạng cũng đã cho tộc người này hưởng chế độ tự trị rộng rãi, với quan phủ và các quan lại khác coi việc nội an đều là người Khmer.Tuy nhiên, trong sâu xa các nhà cầm quyền vẫn muốn người Khmer trên đất Nam Bộ quy thuận theo mình, vì lẽ đó, lệnh trên ban ra có khi thiếu nhất quán và không phù hợp, mà chính sách "nhứt thị đồng nhơn" là một ví dụ.

Hậu quả là, nhân cơ hội quan quân nhà Nguyễn ở Chân Lạp đang vấp phải sự chống đối mãnh mẽ của người bản xứ (vì đã đem nước họ sáp nhập vào Đại Nam), mà tộc người Khmer ở Nam Bộ cũng đã lần lượt đứng lên (trong số đó có cuộc nổi dậy của Lâm Sâm), gây nhiều tang thương mất mát.

Nhìn lại vấn đề này, nhà văn Sơn Nam đã chỉ ra mấy nguyên nhân chủ yếu như sau:

Vua Minh Mạng mất, để lại gánh nặng ở phía biên giới Việt-Miên. Loạn lạc đã phát khởi ngay từ khi cuộc chinh phạt của tướng Trương Minh Giảng đang diễn ra tại phía Biển Hồ, tuy rằng về hình thức là dẹp xong nhưng mầm mống còn đó. Người Miên cư ngụ trên lãnh thổ Việt Nam dường như sẵn sàng hưởng ứng, chống đối quan lại địa phương khi ở Cao Miên phong trào lên cao. Quân Xiêm lại khéo phao tin tuyên truyền. Người Cao Miên lúc bấy giờ ở Nam Kỳ lại bực dọc với chính sách "nhứt thị đồng nhơn" của vua Minh Mạng, bắt buộc họ phải lấy tên, lấy họ như người Việt để đồng hóa. Lại còn chủ trương cải cách tổ chức nông thôn cổ truyền của sóc Miên khiến họ mất quyền tự trị.[3].

Còn Nguyễn Phan Quang, thì nhấn mạnh đến tệ tham lam của quan lại và địa chủ, giáo sư viết:

Do bất bình với chính sách "đồn điền" của triều Nguyễn, vì nó đã tạo ra cơ hội cho quan lại cùng địa chủ đổ xô đến Lạc Hóa, Ba Xuyên...chiếm đoạt ruộng đất. Bên cạnh đó, việc thay đổi phong tục tập quán địa phương và âm mưu gây chia rẽ giữa các thành phần dân tộc cũng đã góp phần làm nên nhiều cuộc nổi dậy.[4]